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会計検査院は、令和6年度の決算検査報告の中で、消費税の簡易課税制度が大企業にも適用され、不公平な減税効果を生んでいる実態を指摘した。

簡易課税制度は本来、事務負担の重い中小事業者を対象とする特例で、基準期間の課税売上高が5000万円以下である場合に利用できる。売上に一定の「みなし仕入率」を掛けて仕入税額を計算する仕組みで、実際の仕入率より高い業種では納税額が少なくなる。この制度を利用した企業の中には、実際には大きな売上を上げながら、本則課税より納税額が大幅に少ないケースが見られた。

検査では、令和3?4年度に簡易課税を適用しながら売上が1億円を超えていた法人4,796社を対象に調査。合併・分割を経て制度を使っていた172法人のうち141法人は、本来は基準を超えており制度を利用できないはずだった。しかし、実際の税額を試算できた116法人のうち105法人で納付税額が本則課税より少なく、差額は約22.9億円に上った。中には1億円以上の差が出ていた企業もあった。

さらに、基準期間のない243法人を別の指標で分析したところ、いずれの指標を使ってもほぼ全社で納税額が低くなり、差額は計約8.9億円に達した。重複を除くと、全体で185法人が不当に少ない税額となり、推計差額は約29億円に及んだ。

会計検査院は「中小事業者支援」という制度の趣旨を踏まえつつも、多額の売上を持つ企業への適用を放置すれば不公平が拡大しかねないとして、財務省に制度の見直しを求めた。